民國四十三年九月，高雄醫學院奉准成立並招收學生。當時杜院長以研究高深的醫藥學術、養成醫藥專業人才為宗旨，於醫學院分設基礎醫學九單位，臨床醫學十單位，「藥理學教室」即為其中一個單位。同年十月十六日醫科第一屆新生入學，民國四十四年八月一日聘杜聰明院長為藥理學教室兼任教授，隔年，民國四十五年，受杜院長理念感召，杜祖智教授自台大醫學院畢業後，毅然決然投身藥理學專業領域，並聘為醫學院藥理學教室專任教授。「藥理學教室」屬於日本式的說法，相當於「科」的意思，此名一直使用直至民國五十八年改名為「藥理學科」。歷任主任如下表所示。

藥理學研究所在陳英俊教授兼學科主任之任內發起並成立，本所正式成立於九十三年八月，陳英俊教授為第一任所長。後因應教育部系所合一，本所從九十六年八月一日更名為醫學系藥理學科碩士班，並於一0四年配合校務整體發展計畫，整併至醫學研究所，更名為藥理暨臨床藥理學組，後於111學年度更名為藥理暨中醫藥學組，繼續推動培養博學且專業之中西醫藥研究人才，造就符合國家、社會需求之人才。